Das Diencephalon schließt sich ohne deutliche GRenze rostral an das Mesencephalon an. Es umschließt mit seinen Kerngebieten und Verbindungsbahnen den dritten Ventrikel und kann in vier Abschnite untergliedert werden. Von ventral nach dorsal sind dies:
- Hypothalamus
- Subthalamus
- Subthalamus
- Epithalamus
In der Wand des dritten Ventrikels befinden sich außerdem zirkumventrikuläre Organe, welche in enger Verbindung zum Hypothalamus stehen.